阿蘇五岳を中心とする世界最大級のカルデラや広大な草原を有し、比較的平坦地の多い阿蘇谷と、それを取り巻く阿蘇外輪地域で形成されています。市の大部分が阿蘇くじゅう国立公園内にあり、野焼きに代表される人と自然の共生によって守られてきた広大な草原や、オオルリシジミをはじめとする阿蘇特有の希少動植物など、豊富な自然と様々な地域資源に恵まれています。これらの地域資源は、世界的に高く評価され、世界ジオパーク及び世界農業遺産に認定されています。